Największym bogactwem przyrodniczym Wyspy są ptaki.

Na Wyspie Sobieszewskiej stwierdzono ich prawie 300 gatunków. Spotykamy tu ptaki, które w innych okresach roku przebywają tysiące kilometrów stąd np. w północnej Syberii czy na południu Afryki. Dla ptaków zostały utworzone na Wyspie aż dwa rezerwaty ornitologiczne: w zachodniej części rezerwat „Ptasi Raj” i we wschodniej – rezerwat „Mewia Łacha”. 

Rezerwat przyrody „Ptasi Raj” o powierzchni 188 ha, znajduje się w północno-zachodniej części Wyspy Sobieszewskiej. Został założony w 1959 roku. W skład jego wchodzą 2 przymorskie jeziora (jez. Karaś i jez. Ptasi Raj). Jeziora otacza szeroki pas trzcin, a dawne nadmorskie łąki porastają nasadzenia olchy.

Większe jezioro Ptasi Raj od morza oddziela Mierzeja Messyńska, a od Wisły Śmiałej malownicza, XIX-wieczna kamienna grobla. Głównym celem ochrony jest zachowanie kompleksu przybrzeżnych jezior, bagien i wydm, jako miejsca odpoczynku ptaków przelotnych. 

W rezerwacie występuje ponad 320 gatunków roślin, a na liście występujących tu ptaków znajduje się ponad 200 gatunków, z czego 45 tu gniazduje. Do najciekawszych gatunków lęgowych należą: rybitwa białoczelna, sieweczka obrożna, sieweczka rzeczna, bąk, kropiatka, zielonka, wąsatka i poróżniczek. Sporadycznie gniazduje tu ohar, edredon i ostrygojad. W okresie pozalęgowym najwięcej ptaków przebywa na otwartym lustrze wody. Są wśród nich stada kaczek, gęsi (do 20.000 osobników), łabędzi, łysek i mew. Na terenie rezerwatu można spotkać foki.

Rezerwat przyrody „Mewia Łacha”, utworzony w 1991 roku, znajduje się w północno-wschodniej części Wyspy Sobieszewskiej, zajmując powierzchnię 19 ha. Północną i zachodnią jego granicę stanowi morze, od strony południowej przylega do namorskiego boru sosnowego, a od wschodniej – do ujściowego odcinka Wisły Przekop. Pozostała część rezerwatu, o powierzchni 131 ha, znajduje się po drugiej stronie Wisły koło wsi Mikoszewo. Celem ochrony jest zachowanie: kolonii lęgowych rzadkich gatunków rybitw, miejsc lęgowych, odpoczynku i żerowania ptaków siewkowych, blaszkodziobych i innych, charakterystycznej roślinności oraz krajobrazu stożka ujściowego Wisły wraz z całą dynamiką naturalnych procesów deltowych wielkiej rzeki nizinnej.

Na terenie rezerwatu znajduje się kilkuhektarowe zarastające jezioro, gdzie znalazła schronienie rodzina bobrów. Linia brzegowa tego terenu od strony morza jest bardzo zmienna na skutek silnego falowania: tworzą się tu okresowe jeziorka, rozległe płycizny oraz różnej wielkości zakola i wysepki. Stwierdzono tu występowanie około 450 gatunków roślin naczyniowych, a wśród nich chronionego mikołajka nadmorskiego oraz storczyka kruszczyka rdzawoczerwonego.

Teren ujścia Wisły należy do jednego z najciekawszych terenów w kraju pod względem ornitologicznym. Występuje tu zarówno ogromne bogactwo gatunków (275 gatunków w różnych porach roku) jak i okresowo bardzo duże koncentracje ptaków, szczególnie mew, rybitw, kaczek i siewkowców. Letnie stada mewy małej (maksymalnie do 40.000 ptaków) należą do największych stad tego gatunku w Europie. Zimowe koncentracje mew i kaczek liczą nawet ponad 100.000 ptaków! Od połowy lipca przez teren rezerwatu pomiędzy plażą w Świbnie i ujściem Wisły prowadzi ścieżka, przy której znajdują się informacje na temat rezerwatu i różnych obiektów przyrodniczych, które warto zobaczyć w rezerwacie. W tym czasie można tu również odwiedzić obóz ornitologiczny i dowiedzieć się w jaki sposób i po co obrączkuje się ptaki.